4月初，《紐約時報》在一篇報道中提到，美國兩所高校正在進行的研究表明紐約州的新冠疫情主要起源于歐洲。如今，其中一所高校的研究報告已經(jīng)出爐，為揭示SARS-CoV-2早期的全球傳播動態(tài)提供了進一步支持。

西奈山伊坎醫(yī)學院的一支研究團隊在對西奈山醫(yī)院早期收治的84名COVID-19患者進行病毒測序后發(fā)現(xiàn)，這些病毒毒株主要是從歐洲和美國其他地方引入，并且早在3月初病毒已經(jīng)進入了社區(qū)傳播階段。相關報告近日發(fā)表在《Science》上。

DOI：10.1126 /science.abc1917

2月29日，紐約州發(fā)現(xiàn)了首例COVID-19病例。截至3月18日，共有84名COVID-19患者前往西奈山醫(yī)院就診，其中44人為女性患者，40人為男性患者，他們來自紐約市四個大區(qū)和紐約州的三個縣。

研究人員從這些患者的鼻咽拭子中獲取了90個病毒分離株并對其進行了測序，得到了72個完整的和18個部分的基因組。

為了追溯紐約州疫情的早期發(fā)展，研究人員從全球流感數(shù)據(jù)共享平臺（GISAID）下載了截至4月1日世界各地上傳的2,363個SARS-CoV-2病毒序列，將其連同從84名患者身上獲取的病毒序列進行了系統(tǒng)發(fā)育分析。

系統(tǒng)發(fā)育樹顯示，紐約的84個病毒分離株可分為A1a、A2a、B、B1、B4這5個亞型，其中64個病毒分離株聚集在A2a類，該類主要由來自歐洲COVID-19患者的分離株組成，說明紐約州早期的COVID-19病例大多為歐洲引入。

紐約州和全球其他地區(qū)SARS-CoV-2分離株的系統(tǒng)發(fā)生關系

隨后，研究人員分析了與紐約市相關的病毒傳播事件的時間，發(fā)現(xiàn)A2a進化樹底部的最早序列包括自2月下旬開始來自意大利、芬蘭、西班牙、法國、英國和其他歐洲國家的病毒分離株，以及從3月第一周開始的一些北美分離株。在這個分類中存在著兩個突變，將紐約和其他地區(qū)的分離株區(qū)分開來，這說明可能在2月初到2月中旬當?shù)刂辽僖肓藘蓚€獨立的病毒株。

總之，這項研究表明，紐約州當?shù)氐男鹿谝咔橹饕獊碜悦绹蜌W洲之間的無追蹤傳播，僅有有限證據(jù)顯示該病原是從中國直接引入的，不僅為全球范圍內(nèi)SARS-CoV-2的多樣性提供了快照，也為地方一級流行病動態(tài)提供了參考。